Cuộc họp này dự trù tổ chức vào đầu năm 2010 nhưng đã phải lùi lại vì phía Việt Nam nêu lý do là bận nhiều lễ hội. Nhưng có người cho lý do chính là vấn đề những đề nghị từ phía Việt Nam từ phiên họp vòng 1 tại Hà Nội từ tháng 2-2009 chưa được giải quyết, cộng thêm những sự việc rối ren liên quan đến Toà Tổng giám mục Hà Nội và những điểm nóng bùng lên ở một số nơi như Vinh, Đà nẵng, v.v...
Mới đây việc Tòa Thánh Vatican chấp nhận việc từ nhiệm của đức TGM Ngô Quang Kiệt và bổ nhiệm đức GM Nguyễn Văn Nhơn thay thế vào chức Tổng Giám Mục Hà nội, tuy không nói ra nhưng phía Nhà cầm quyền Hà Nội rất vui mừng. Đang khi đó sự việc này đã đặt Hội đồng Giám mục Việt Nam vào thế bị động và làm tổn thương uy tín của Hội đồng GMVN rất lớn. Thêm vào đó tinh thần giáo dân Công giáo Việt Nam tại quốc nội cũng như hải ngoại rất xao động vì nhiều những nguồn thông tin nghịch chiều nhau.
Trước tình trạng giáo dân thì hoang mang, hàng giáo sĩ thì không biết thực hư những biến chuyển đồn dập ra sao đường hướng lý giải thực sự của Giáo hội địa phương và Vatican nhắm tới mục tiêu nào... Do đó, ĐHY Phạm Minh Mẫn đã phải sang tận Vatican để gặp và nói chuyện với Ngoại trưởng Tòa Thánh, Đức TGM Dominique Mamberti và Đức Ông thứ trưởng Ernesto Ballestrero; sau đó ngài hội kiến với ĐHY Tổng trưởng Bộ truyền giáo Ivan Dias. Các cuộc trao đổi xoay quanh tình hình Giáo Hội Việt Nam sau biến cố Đức TGM Giuse Ngô Quang Kiệt từ chức TGM giáo phận Hà Nội.
Trong một bản tin từ Vatican phát đi cho biết:
"ĐHY Gioan Baotixita Mẫn tỏ ra rất hài lòng về các cuộc hội kiến. Ngài cho biết các vị hữu trách tại Tòa Thánh rất am tường tình hình Giáo Hội tại Việt Nam".
Tuy nhiên, một vài nhân vật từng có kinh nghiệm với đường lối của Vatican đưa ra nhận định như sau: "
Nếu các cuộc hội của ĐHY Phạm Minh Mẫn với các viên chức Vatican nhằm trình bầy hiện tình thực sự những gì đang xẩy ra, phản ứng của hàng giáo sĩ, giáo dân trước những vấn đề thời cuộc và những mong ước của dân Chúa với HĐGMVN, và nhất là những nguyện vọng về cách thế "hội nhập" của Giáo hội tại Việt Nam ra sao -- thì đó điều rất cần thiết và cần phải làm sáng tỏ cho Vatican biết rõ hơn... Tuy nhiên, nếu Đức hồng y TGM Saigòn chỉ đưa ra những quan điểm của riêng Ngài hay của một nhóm thiểu số thì e rằng sự kiện này càng làm tình tình Giáo hội tại Việt nam trở nên khó khăn hơn. Nhiều người đã nêu thắc mắc khi đài phát thanh Vatican chương trình Việt ngữ tường thuật rằng" ĐHY Gioan Baotixita nói 'Các vị hữu trách tại Tòa Thánh rất am tường tình hình Giáo Hội tại Việt Nam' thì là am hiểu theo chiều hướng nào? Đó mới là vấn đề quan trọng!".
Mặc dù Tổ công tác hỗn hợp như đã được vạch ra từ mấy năm nay là "có nhiệm vụ bàn về tiến trình thúc đẩy ngoại giao song phương", nhưng thường lại bàn khá nhiều về quan hệ giữa giáo hội Việt Nam với Nhà nước Việt Nam và Toà thánh Vatican.
Trong vòng hơn một năm nay đã thấy một số kết quả đã đạt được là đã có 7 Giám mục được bổ nhiệm cùng với 1 Tổng giám mục Hà Nội từ phiên họp vòng 1 đến nay. Tuy nhiên, một số đề nghị của giáo hội Việt Nam vẫn chưa được đáp ứng ví dụ các giám mục Việt Nam muốn xin sử dụng lại 3 cơ sở là Toà Khâm sứ, Thánh địa La Vang và Giáo hoàng học viện Đà Lạt thì mới có La Vang được giải quyết.
Vấn đề tham gia vào hoạt động giáo dục và y tế mà Tòa Thánh đưa ta vẫn chưa có câu trả lời.
Phía Việt Nam cũng muốn phải có sự đồng thuận của chính quyền trong việc bổ nhiệm ngươì Việt Nam vào các chức vụ ở Toà thánh hay tước Hồng y vì lo ngại tin đồn Toà thánh có thể bổ nhiệm TGM Ngô Quang Kiệt làm quan chức Vatican và nâng lên bậc Hồng y giống như Hồng y Nguyễn Văn Thuận trước đây. Hoặc đề nghị giáo hội không ngăn trở cấm đoán các linh mục tham gia tổ chức Uỷ ban đoàn kết Công giáo Việt Nam…
Những người quan tâm đến tình hình cho rằng Vatican cũng không hy vọng nhiều vào cuộc họp vòng 2 vì ở Việt Nam chưa đại hội Đảng nên chẳng có vấn đề gì có thể giải quyết lúc này. Ngay Ban tôn giáo Chính phủ ông Nguyễn Thế Doanh về hưu đã gần năm nay mà vẫn chưa có ai thay thế vì còn chờ nhân sự dôi dư ở các địa phương. Nghe nói một vị lãnh đạo tỉnh Trà Vinh sẽ được xếp vào vị trí này.
Có người nhận định rằng sự kiện Trung Quốc cũng chưa có quan hệ với Vatican, nên chắc Việt Nam còn cầm chừng để đấy!. Tuy nhiên một quan chức Việt Nam nói
"Việt Nam có đường lối riêng, không phải cái gì cũng theo Trung Quốc". Vả lại bài học nghe Trung quốc khi vào WTO chậm trễ trước đây đã làm cho Việt Nam phải trả giá đắt.
